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No processo de fermentação do biogás, as bactérias que não produzem metano e as bactérias produtoras de metano são interdependentes; uma delas fornece à outra a base material necessária para manter as atividades vitais, além das condições ambientais adequadas； Ao mesmo tempo, eles se restringem mutuamente, completando em conjunto o processo de fermentação do biogás. A relação mútua entre eles se manifesta principalmente nos seguintes aspectos: 1. Os não metanogênicos fornecem nutrientes aos metanogênicos. Os carboidratos, proteínas e gorduras, que são compostos orgânicos complexos presentes nos materiais de partida, não podem ser absorvidos e utilizados diretamente pelas bactérias metanogênicas. É necessário que esses compostos sejam decompostos por bactérias que não produzem metano, transformando-se assim em compostos simples e solúveis. Depois disso, esses compostos podem ser further decompostos, formando assim o substrato adequado para as bactérias metanogênicas. 2. Os não metanogênicos criam um ambiente ecológico anaeróbico adequado para os metanogênicos. Na fase inicial da fermentação anaeróbica, devido à adição de matéria-prima e água, uma grande quantidade de ar entra no digestor. Isso é claramente prejudicial para os metanogênicos. Contudo, graças à atividade dos microrganismos aeróbios e facultativamente anaeróbios pertencentes aos grupos não-metanogênicos, o potencial redox do líquido de fermentação (quanto mais baixo o potencial redox, melhores são as condições anaeróbicas) diminui continuamente, criando progressivamente um ambiente ecológico anaeróbico para o crescimento e a produção de metano pelos metanogênicos. 3. Os não metanogênicos removem substâncias tóxicas para os metanogênicos. Ao usar águas residuais industriais ou resíduos como matéria-prima para a fermentação, estes geralmente contêm substâncias como fenóis, ácido benzoico, **, ácidos graxos de cadeia longa e metais pesados. Essas substâncias são tóxicas para os metanogênicos. Entre os microrganismos não metanogênicos, muitos são capazes de decompor e utilizar as substâncias mencionadas acima, o que permite neutralizar a toxicidade para os microrganismos metanogênicos. 4. Os microrganismos não metanogênicos e os metanogênicos mantêm em conjunto o pH adequado no ambiente. No início da fermentação do biogás, as bactérias que não produzem metano degradam primeiro os amidos e açúcares presentes nos materiais de partida, gerando grandes quantidades de ácidos orgânicos. Ao mesmo tempo, o dióxido de carbono produzido também se dissolve parcialmente na água, fazendo com que o pH do caldo de fermentação diminua.